Szkoła powstała z inicjatywy nauczycieli mgr Małgorzaty Dudek i mgr Reginy Mamczur oraz grupy rodziców, którzy pragnęli stworzyć dla swoich dzieci kameralną szkołę odpowiadającą ich wartościom i światopoglądowi. Opracowano autorski program nauczania oraz statut placówki, które zostały zatwierdzone przez Ministerstwo Oświaty i Wychowania w Warszawie oraz Kuratorium Oświaty i Wychowania w Rzeszowie.

1 września 1990 roku szkoła rozpoczęła działalność jako Społeczna Szkoła Podstawowa nr 1. Organem prowadzącym pierwszą niepubliczną szkołę podstawową w Rzeszowie było wówczas Społeczne Towarzystwo Oświatowe w Warszawie. Początkowo szkoła nie miała własnego lokum – dzięki przychylności śp. ks. Józefa Sondeja pierwsze klasy (0 i I) mieściły się w budynku katechetycznym przy parafii Chrystusa Króla. W kolejnym roku szkolnym schronienia udzielił ks. Stanisław Tomkowicz w parafii św. Judy Tadeusza.

W 1991 roku, dzięki zaangażowaniu Stanisława Złonkiewicza, późniejszego dyrektora szkoły, władze miasta przekazały placówce budynek przedszkolny przy ulicy Bohaterów 26. W 1992 roku nauczyciele i rodzice założyli Stowarzyszenie Przyjaciół Szkoły Społecznej nr 1, które przejęło rolę organu prowadzącego szkołę.

W związku z reformą szkolną w 1998 roku w szkole utworzono gimnazjum, przekształcając placówkę w
Zespół Szkół Społecznych nr 1.

31 maja 2004 roku, z inicjatywy dyrektor Anny Czyrek, szkoła otrzymała imię ks. Jana Twardowskiego. W tym dniu poświęcono przez ks. Biskupa Kazimierza Górnego sztandar i tablicę pamiątkową. Po raz pierwszy odśpiewano hymn szkoły, którego słowa napisał uczeń klasy VI Beniamin Bukowski, a muzykę skomponowała Beata Brzozowska, mama jednego z uczniów.

W 2024 roku, z inicjatywy dyrektor Izabeli Janik, na frontowej ścianie szkoły powstał mural nawiązujący do patrona szkoły, autorstwa Arkadiusza Andrejkowa.

Dzięki zaangażowaniu wszystkich dyrektorów i grona pedagogicznego szkoła zachowuje swoją kameralność i otwartość na każdego ucznia. Placówka stale się rozwija, wzbogaca swoją bazę dydaktyczną, a uczniowie osiągają wysokie wyniki na egzaminach zewnętrznych, kontynuując naukę w prestiżowych szkołach rzeszowskich.